چكيده
پروژه حاضر با انجام روش‌‌های نوین ارزیابی ژنومی بخشی از طرح "ارزیابی ژنتیکی ماهی قزل‌‌آلاي رنگين‌‌كمان پرورشی (Onchorhynchus mykiss) جهت تولید ماهیان عاری از بیماریهای خاص (SPF) " بوده و به گزینش ماهیان سریع الرشد و تولید ماهیان عاری از بیماریهای خاص اين گونه مهم اقتصادی كمك قابل توجهی می نمايد. در این پروژه ابتدا هفت گروه از ماهیان قزل آلای رنگین کمان مراکز منتخب مورد تایید سازمان دامپزشکی کشور و سازمان شیلات ایران در استان های مازندران، آذربایجان غربی و کهگیلویه و بویر احمد به سالن پیش قرنطینه در مرکز تحقیقات ماهیان سردآبی کشور انتخاب شدند. پس از بیهوشی ماهیان با استفاده از پودر گل میخک، داده های صفات کمی از قبیل طول کل، طول استاندارد و وزن ثبت شده و همزمان از بافت باله دمی مولدین نمونه برداری صورت پذیرفت. نمونه های بافت ماهیان جهت استخراج DNA در الکل 96 درصد نگهداری و به منظور آزمایشات مولکولی به آزمایشگاه ژنتیک منتقل شدند. استخراج DNA ژنوم از تمامی نمونه ها با کیت انجام و در ادامه کیفیت و کمیت DNA بااستفاده از روش های الکتروفورز ژل آگارز و اسپکتروفتومتری ارزیابی گردید. به منظور بررسی ژنوم از هر گله قزل‌‌آلاي رنگين‌‌كمان پرورشی با استفاده از روش توالی‌یابی نسل جدید (Next Generation Sequancing)، تعداد 6 نمونه DNA (نگهداری در یخ خشک ̊C 70- ) به شرکت یوروفین (Eurofins) کشور آلمان ارسال گردید. پس از دریافت توالی داده ها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع همردیف شدند. چندشکلی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. نتایج آنالیز ژنوم قزل‌‌آلای رنگین‌‌کمان از گله های مختلف در مزارع پرورشی، تعداد نوکلئوتید و توالی های متعددی را نشان داد. به طوریکه تعداد باز های خام در نمونه های مختلف مزارع از 685093249 باز در مزرعه ملکی تبار تا 349468725 باز در مزرعه فخاری متغیر بود. همچنین تعداد بازها پس از ویرایش از 08+3.24 E در مزرعه یاسوج تا 08+E6.85 در مزرعه ملکی تبار متغیر بود. میزان توالی هایی با طول 50 جفت باز 74556191 عدد و توالی هایی با طول 90 جفت باز حدود 214983 عدد بدست آمد. از شمار کل چندشکلی های تک نوکلئوتیدی 0.74, 27.28, 56.45 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. یافته‌‌های این پروژه بیان می‌‌کند که احتمالا اختلاط بالای جمعیت‌‌ها با یکدیگر و عواملی همچون به‌‌گزینی و سیاست‌‌های جاری در هر مزرعه منجر به از دست رفتن تنوع و تمایز بین جمعیت‌‌ها شده است. نتایج این مطالعه می‌‌تواند در راستای مدیریت ذخایر پرورشی و برنامه‌‌های اصلاح‌‌نژادی این گونه‌‌ی مهم تجاری در ایران مورد استفاده قرار گیرد. همچنین یافته های این تحقیق از طریق شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در ژنوم گله های قزل‌‌آلای رنگین‌‌کمان پرورشی به عنوان یک پانل نشانگر با تراکم بالا، می تواند نقش موثری برای شناسایی ذخایر و بهبود ژنتیکی و گنجاندن آنها در اهداف اصلاح نژادی ایفاء نماید.